Bei der axialen Spondyloarthritis resultieren die Rückenschmerzen nicht aus Verspannungen, verschlissenen Bandscheiben oder Wirbelgelenken, sondern aus Entzündungen infolge einer Fehlfunktion des Immunsystems. Die körpereigene Abwehr richtet sich gegen Knochen- und Knorpelgewebe. Infolgedessen kommt es bei Betroffenen zu Entzündungen entlang der Wirbelsäule und am Kreuzbein-Darmbein-Gelenk. Inzwischen ist bekannt, dass an axialer Spondyloarthritis erkrankte Personen häufig ein bestimmtes genetisches Merkmal, das sogenannte HLA-B27, tragen. Es kann im Blut nachgewiesen werden und scheint das Risiko für Autoimmunerkrankungen zu erhöhen. Der Zusammenhang zwischen dem Gen HLA-B27 und der axialen Spondyloarthritis ist allerdings noch nicht restlos geklärt.